پس از رحلت شيخ مفيد شيخ طوسي راه‌هاى ترقى وتكامل بيشتر را نزد جانشين شايسته شيخ مفيد ، جناب سيّد مرتضى رحمه اللّه طي كرد ومدت بيست وسه سال از محضر مبارك ايشان بهره‌مند شد . شيخ طوسي در مورد ايشان مىنويسد : وى در بسيارى از علوم ؛ از جمله كلام فقه ، أصول ، أدب ، شعر ، نحو ، معاني ولغت وغيره بر همه مقدم بوده ، ديوان أو شامل بيش از بيست هزار شعر است . تصانيف وپاسخ ايشان به مسائل شهرها وكشورها ، كتب زيادى را تشكيل مىدهد . شيخ طوسي در جاى ديگر از كتاب فهرست ، پس از شمارش 38 كتاب بزرگ ومشهور از تأليفات سيّد مرتضى ، مىگويد : بيشتر اين كتاب‌ها را نزد ايشان خواندم وبقيه را هنگامى كه بر أو قرائت مىكردند من بودم . شيخ طوسي در طول مدت زعامت سيّد مرتضى همواره در كنار أو بوده وديرى نپاييد كه سرآمد شاگردان سيّد به شمار آمد واميد آيندهء شيعه محسوب شد . رحلت سيّد مرتضى وزعامت شيخ طوسي سيّد مرتضى در سال 426 ه ق ودر هشتاد سالگى به ملكوت أعلى پيوست وعالم تشيع را از فقدان خود داغدار نمود . پس از رحلت سيّد هنوز تعدادى از شاگردان مبرز شيخ مفيد مانند « نجاشي » و « كراجكى » در قيد حيات بودند وهركدام از مفاخر علماى شيعه محسوب مىشدند ، ولى زعامت ومرجعيت علمي شيعه برعهده شيخ طوسي - أعلى اللّه مقامه الشريف - نهاده شد كه نشانه جايگاه بلند علمي وعملي وشخصيت ممتاز وبىنظير شيخ است . شيخ طوسي در اين برهه از تاريخ 41 سأله بودند كه مدت 28 سال از اين عمر بابركت را در حوزه درس شيخ مفيد وسيد مرتضى به كسب فضايل ومراتب علمي اشتغال داشت وبه مدد تحقيق وتأليف ومطالعه وزحمات طاقت‌فرسا در كليه علوم رايج عصر